Прошло 9 дней, как я начал пробовать различные положения блока с объявлениями РСЯ и сегодня эксперименты завершены. Попробовал 4 местоположения:
1. Верх, встройка в дизайн
2. Низ, стандарт оформления + красные заголовки
3. Верх, стандарт оформления + красные заголовки
4. Низ, встройка в дизайн

Итак, итоги.

1. Верх, встройка в дизайн

Так это расположение было у меня всегда, то статистики по нему много, поэтому взял CTR по неделям. Внутринедельный CTR не сильно отличался от среднего показателя, то есть примерно так оно и было:
1 неделя — 0.89
2 неделя — 0.73
3 неделя — 0.81
4 неделя — 0.72
5 неделя — 0.66

2. Низ, стандарт оформления + красные заголовки

Уж 0.00 в будни никогда не было и при трафе в 3 раза меньшем, так что держать блоки внизу дольше 2 суток не стал. Кстати, пока РСЯ висел внизу, все клики ушли на Бегуна висящего сбоку справа. То есть более высокий блок объявлений имел больший приоритет.

1-й день — 0.50
2-й день — 0.00

3. Верх, стандарт оформления + красные заголовки

Где-то прочитал, что Яндекс знает лучше других при какой раскраске лучше кликают, поэтому не надо умничать и стоит оставить как есть, кроме выделения заголовков блока. Поэтому попробовал так. Вот что вышло:

1 день — 0.35 (денег в 4 раза больше, чем при 0.50, когда блок снизу)
2 день — 0.14
3 день — 0.18

Интересно то, что «верхние» объявления выходят дороже.

4. Низ, встройка в дизайн
Воспользовался советом, итог:

1 день — 0.00 (суббота)
2 день — 0.00 (воскресенье)
3 день — 0.74
4 день — 0.00

Допускаю, что в выходные CTR может быть и 0.00, но опять же не в будни. Поэтому 2 дня в начале недели и хватит. Как видно CTR самый высокий, но при этом денег в 2 раза меньше, чем при верхних объявлениях с CTR 0.35.

Выводы:

Оптимальное расположение блока РСЯ — это перед статьями. При этом если еще и покрасить блок в цвета сайта (встроить в дизайн), то получается максимум прибыли.

Допускаю, что этот вывод касается только данного сайта, но на всех остальных своих сайтах буду делать только так.